Управление лицеем-интернатом осуществляется на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности. В лицее-интернате сформированы коллегиальные органы управления: Общее собрание трудового коллектива, Педагогический совет, Наблюдательный совет.
В целях учета мнения учащихся, родителей (законных представителей) несовершеннолетних учащихся по вопросам управления лицеем-интернатом и при принятии лицеем-интернатом локальных нормативных актов, затрагивающих их права и законные интересы, по инициативе учащихся, родителей (законных представителей) несовершеннолетних учащихся в лицее-интернате созданы: Лицейская Дума и Совет родителей.
